回到了木叶之后，七宫星野就直接被安排在了木叶忍者医院之中。
七宫星野处于昏迷的期间，纲手先后治疗了卡卡西和佐助。
纲手检查了小李的身体，但是成功的几率只有一半，另外一半几率是死。
所以纲手劝说小李放弃忍者的梦想，如果失败小李可能连自已的性命也要赔上。
面对这个选择时，小李内心挣扎不已，因为除非手术成功，不然他还要面对两个选择，死或放弃忍者的梦想。
但是凯的一句话给予了小李鼓励，让小李做出了选择。
‘如果你因手术失败而死，我也会陪着你一起死。’
小李决定赌上自已的一切，如果成为不了忍者那就死，纲手也被小李的觉悟给打动了，为小李进行手术。
万幸的是手术非常成功，不过要休养很长一段时间。
仿佛一切都在变好的时候，鸣人和佐助出现了问题。
佐助在医院治疗期间，心情一直很差，因为他被鼬吊打了，毫无还手之力的吊打，觉得自已的力量实在是太过于弱小。
而且鸣人现在跟着传说中的三忍之一自来也在学习，实力越来越强了，当初与守鹤的战斗中，鸣人就已经超越他了。
佐助心中越来越不甘、嫉妒、急迫、怨恨...
在鸣人来看望佐助的时候，心情不爽的佐助让鸣人跟他打一场。
就这样，在医院的天台上，鸣人和佐助首次进行了对决。
在佐助和鸣人同时使用千鸟和螺旋丸的时候，被赶来的卡卡西阻止。
千鸟和螺旋丸击中了两个储水罐，而鸣人的螺旋丸对储水罐造成的破坏更大。
这让佐助心中的不甘心更进一步，内心也更加的不安，这样下去，他想要找鼬复仇简直是遥遥无期。
即使卡卡西在事后劝说佐助不要过于追求力量，但这时候的佐助根本听不进去。
而另一边，大蛇丸的这具身躯已经到达了极限，必须要赶紧换身体了，而大蛇丸最心仪的身体自然是佐助的身体。
因此大蛇丸派遣音忍四人众前往木叶，与佐助进行了接触，并且进行了短暂的交手。
不过佐助败了，音忍四人众向佐助说明了来意，蛊惑佐助大蛇丸会给予他力量，能够向鼬复仇的力量。
这让佐助立即决定了要去追随大蛇丸，获得能够向鼬复仇的力量。
佐助在离村时被小樱追上，尽管小樱极力劝说佐助不要离开，但是此时渴望获得力量的佐助不可能会留在木叶。
留在木叶已经无法让他获得更强大的力量了，现在在佐助看来，只有跟着大蛇丸才能够让他变强。
佐助打晕了小樱，离开了村子。
而佐助离开村子之后，与音忍四人众汇合，音忍四人众向佐助讲述了关于咒印还有第二阶段，需要佐助吃下醒心丸这种药物陷入假死状态，然后封印到特制的棺桶中。
佐助吃下了醒心丸，进入假死状态之后被封入了棺桶之中。
音忍四人众带着棺桶，立即赶往大蛇丸的实验基地。
现在作为五代目火影的纲手得知了这一情况后，立即找来了鹿丸，因为现在村子里几乎所有上忍，除了必要最低限的人留在村子，剩下的全部派出去执行任务了，没有多余的人了。
于是纲手让鹿丸召集所有他认为优秀的下忍，前去带回佐助。
鹿丸找了纲手推荐的鸣人之后，第一时间就是去找七宫星野，但是很可惜，七宫星野还在昏迷之中。
最后，鹿丸选择了鸣人、丁次、宁次、犬冢牙，组成了五人小队前去执行任务，带回佐助。
因为之前砂隐村袭击木叶，砂隐村是被大蛇丸当枪使了，因此欠下了木叶大人情，于是纲手在派出鹿丸小队之后，向砂隐村进行了求援。
而砂隐村派出了我爱罗、勘九郎和手鞠支援鹿丸小队。
在任务途中，鹿丸众人和音忍四人众遭遇。
次郎坊施展土遁忍术土牢堂无困住木叶众人，企图吸收他们的查克拉。
丁次为了让队友继续前进，独自留下与次郎坊战斗，不得不使用家族的三色药丸来提升力量，最后吃下会危及生命的红色辣椒丸，才战胜了次郎坊。
宁次与鬼童丸展开激战，他能像蜘蛛一样操控蛛丝，战斗中分析出了宁次白眼的死角，让宁次陷入苦战，但宁次凭借顽强的意志，以生命为代价硬接鬼童丸的攻击，并通过蛛丝使用柔拳反伤鬼童丸，最终将其击败，但宁次也身负重伤。
鹿丸与多由与交锋，她擅长通灵术和听觉幻术，用音乐发动幻术让鹿丸陷入困境，鹿丸凭借出色的战术和智慧，一度用影子模仿术抓住多由也，但多由也开启咒印状态二挣脱，后来鹿丸用疼痛解除幻术再次控制多由也，可惜查克拉耗尽，关键时刻手鞠赶到，与鹿丸合力打败了多由也。
犬冢牙和赤丸与左近右近与战斗，左近右近可以重新构成体内的细胞或蛋白质，打散自已身体进入敌人的体内，破坏对方的经络系统，还能通灵出罗生门，牙和赤丸施展牙狼牙也未能取胜，右近还进入牙的身体，牙通过自残才将其逼出，最后勘九郎及时赶到，用傀儡术击败了左近右近。
在佐助夺还战中，鸣人遭遇了君麻吕，后来小李和我爱罗等人支援过来，让鸣人去追佐助，他们对战君麻吕。
君麻吕拥有尸骨脉血继限界，实力强大，给小李和我爱罗带来了巨大的威胁，但因身患重病，在准备使用最后绝招早蕨之舞时，身体无法支撑而死亡。
而最后，鸣人和佐助的终结谷之战也开始了。
两人的战斗一开始佐助占据了上风，后来鸣人借用了九尾的力量压制了佐助。
在战斗中，佐助的写轮眼进化成了三勾玉写轮眼，再度占据上风。
双方的战斗进入白热化状态，鸣人进入了半尾兽化状态，身上出现了尾兽外衣，还有一根尾巴。
而佐助也第一次进入了咒印状态二，身后长出一对很像手的翅膀，脸部中间出现十字型花纹。
两人各自使出绝招，鸣人半尾兽化形态的红色螺旋丸和佐助咒印状态的黑色千鸟在终结之谷的大瀑布上对拼。
僵持状态下，佐助击中鸣人，而鸣人只在佐助的护额上划出了一条裂痕。
两种强力忍术的碰撞产生了巨大的爆炸。
战斗以佐助的胜利而告终，鸣人陷入了昏迷，但是佐助并未杀死鸣人，因为他决定用自已的方式获得力量，而不是像鼬所希望的那样，为了开启万花筒写轮眼而杀害同伴。
而卡卡西赶到的时候，佐助已经离去，心情沉重的卡卡西背起了鸣人回到了木叶。
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